该院在审理货物运输合同纠纷案件中新发现以下几个问题：
一是主体难确定。随着小商品市场的活跃，物流业也随之壮大，但是在现实生活中，监管不到位，使得物流企业不规范，许多个体业主为获得托运人的信任，在托运单上印刷公司字样，但不加盖任何公章，仅由经办人签字。一旦发生纠纷，使得托运人无法确定谁是真正的承运人，无法主张权利。
二是合同不规范。依照物流行业惯例，货物托运很少会签署规范的运输合同，仅是由承运人提供具有格式条款的托运单来约束双方，而大多数托运人对托运单的填写不严谨，对承运货物的种类、型号、质量、单价等都基本特征只作一些草草标注，导致无法确定货物的实际价值，一旦发生货物的毁损，受损失方只能通过自己的进货单或厂方报价单主张权利，证据单薄。加之托运单中承运人往往会拟定一些免责条款或赔偿限额条款，规避法律责任，而这些限额条款中的赔偿数额仅为运费的2-3倍，远远低于货物实际价格，托运人在托运时往往不仔细阅读，草率认可，一旦货物发生毁损、灭失，双方争议较大。
三是代收货款无制约。在货物运输合同中，托运人为便于货款清结，往往在托运货物时即委托承运人向收货人代收货款，收款后才将货物交给收货人。但托运单中往往只有简单的标注即在“是否代收货款”栏中打勾，而未对未收到货款的法律后果作出约定。故在承运人未收货款的情况下，托运人会向承运人主张赔偿。但因“支付货款”是买卖合同中的买方（即收货人）的义务，根据合同的相对性，买卖合同只能约束买卖双方，买方才是支付货款的主体，承运人未代收货款违约，是否承担支付货款的义务在实践中亦存在争议，使得此类案件纠纷较多。
为了能够减少货物运输矛盾纠纷，使托运人与承运人的利益都得到保障，一旦发生纠纷能够妥善的解决，于法有据，维护自身的权益。笔者认为：一是政府有关职能部门加大对物流行业的监管，健全物流行业的规章，行业协会对常见易出现的问题及时予以纠正，对不正当竟争的行业予以规范。做到诚实守信，合法经营。二是行业协会或有关职能部门对会员单位进行法律法规的培训教育，提高承运人员的责任意识和诚信的理念，在发生纠纷时要及时认清是否是自己的过错造成的，不要只是千方百计的寻找托运人的过错规避责任，使得物流市场得到有序发展。三是规范格式合同条款。双方应当细化合同内容，特别是对货物的单价、金额、名称、规格、数量，以及赔偿标准，违约条款等作出详细描述，特殊物品更应当加以备注。因此发生纠纷才能让法院作出客观的判断。
